È importante ricordare che i vari tasti suonavano in modo diverso l'uno dall'altro ai tempi di Bach. "Di buon carattere" non è la stessa cosa di "equilibrato". I preludi aiutano a introdurre le idiosincrasie di ciascuna tonalità in una trama relativamente semplice prima di confondere il mondo sonoro con un'estrema polifonia. Non sono tanto riscaldamento per le dita del tastierista quanto "riscaldamento" per le orecchie degli ascoltatori. Hai ragione sul fatto che raramente c'è un qualche tipo di connessione motivica, ma penso che spesso i preludi aiutino a creare uno stato d'animo che anche la fuga può abitare o contraddire in modi interessanti.

Bach deve essere compreso nel contesto del suo tempo. Il Preludio Barocco era una forma comune dell'epoca, ed era spesso di natura improvvisativa, simile a una Toccata o a una Fantasia. Numerosi esempi abbondano, soprattutto nella musica tedesca per tastiere, di preludi accoppiati a fughe. A parte la tonalità, non è vero che ci sia molta connessione tra i movimenti.

Ecco alcuni esempi:

Johann Pachelbel - Prelude & Fugue in D minor: